En strategi mot et fullt fungerende og motstandsdyktig Schengen-område ble lagt fram 2. juni. I pressemeldingen uttaler EU-kommissær Ylva Johansson: «Den aktuelle strategi for Schengen styrker os udadtil, for at vi kan være friere indadtil. […] Den aktuelle strategi vil styrke tilliden og forvaltningen, så vi bedre kan forudse, forberede os og reagere, og jeg er fast besluttet på at sikre, at alle medlemsstater påtager sig deres rolle».

Nærmere 1,7 millioner mennesker bor i ett Schengen-land, men arbeider i et annet, og hver dag krysser ca. 3,5 millioner de indre grensene. Kommisjonen viser i et eget Q&A-notat til at covid-19-pandemien har lagt et stort press på Schengen-området. Flere medlemsland har innført kontroll av de indre grensene, noe som til tider har gjort det svært vanskelig å opprettholde et velfungerende indre marked. Det er behov for «en ny vei fram» for å sikre at Schengen kan takle nåværende og framtidige utfordringer, skriver Kommisjonen.

Strategien skisserer de viktigste tiltakene for å kompensere for manglende indre grensekontroll og for å være forberedt overfor framtidige utfordringer:

• Sikre effektiv og moderne forvaltning av EUs ytre grenser
  Her inngår både Den Europeiske grense- og kystvakten (Frontex) på 10.000 personer som er under utrulling og de nye IT-systemene som er på trappene. Senest i 2023 skal utvidelsen av Schengen informasjonssystem (SIS II recast) være operativ og omfatte tre områder: grensekontroll, migrasjon og rettshåndhevelse (politi). I andre kvartal 2022 skal det nye inn- og utreisesystemet (Entry/Exit) være i full drift. Ved utgangen av 2022 skal Det europeiske systemet for innreiseinformasjon og -tillatelse (ETIAS) tre i kraft. Kommisjonen foreslår å gjøre både visumprosedyrene og reisedokumentene digitale, og vil støtte utviklingen av nye teknologier for å lette lovlig grensepassering på yttergrensene og  dokumenter som er sikret mot svindel.
• Styrke Schengen-området internt
  Kommisjonen ønsker å styrke interne tiltak innenfor politisamarbeid, sikkerhet og migrasjon. For å bedre informasjonsutvekslingen og støtte politisamarbeidet, vil Kommisjonen blant annet foreslå en EU-kodeks for politisamarbeid og en ajourføring av rammen for Prüm-samarbeidet for utveksling av DNA-profiler, fingeravtrykk og opplysninger fra kjøretøyregistrene. Kommisjonen vil gjennomføre egne høringer for å undersøke bruken av teknologi som alternativ til grensekontroll.
• Bedre forvaltningen for å øke tilliten blant medlemslandene
  Sammen med den nye strategien la Kommisjonen også fram et forslag til revisjon av forordningen om tilsyn med nasjonal gjennomføring av Schengen-regelverket, den såkalte evaluerings- og overvåkingsmekanismen. Formålet er å fremme den felles tilliten til gjennomføringen av Schengen-reglene og sikre at mangler avdekkes og rettes raskt. Det innebærer flere uanmeldte kontrollbesøk og at det innføres en hasteprosedyre i de tilfellene hvor det er vesentlige mangler. Kommisjonen forslår også en politisk behandling av evalueringene, ved at resultatene tas med i den årlige Schengen-rapporten som skal diskuteres av Rådet og Parlamentet.
• Endre grenseforordningen for å gjøre EU bedre forberedt på kriser
  Høsten 2021 skal Kommisjonen legge fram et forslag til endring av dagens grenseforordning. Det er denne forordningen som benyttes av Norge og andre land som har innført indre grensekontroll de siste årene knyttet til migrasjon, terror eller pandemien. Dagens forordning pålegger landene å informere (notifisere) en slik midlertidig stenging til Kommisjonen og begrunne hvorfor det er nødvendig. Med det nye forslaget ønsker Kommisjonen en «tett politisk og teknisk dialog» med medlemslandene for å hindre langvarig indre grensekontroll. «Formålet vil være at vurdere de tilgængelige oplysninger, få en bedre forståelse af situationen og indkredse de foranstaltninger, der kan træffes for at ophæve de interne grænsekontroller. Kommissionen vil træffe foranstaltninger, hvis sådanne kontroller viser sig at være uforholdsmæssige».

Da Europaparlamentets justiskomite (LIBE) behandlet den årlige Schengen-rapporten i slutten av mai oppfordret de Kommisjonen om å undersøke medlemslandenes nåværende overholdelse av Schengen-reglene og starte traktatbruddprosedyrer der det er nødvendig. Dette understrekes også i pressemeldingen fra den sosialdemokratiske partigruppen i Parlamentet (S&D) 2. juni. De mener Kommisjonen må endre grenseforordningen slik at indre grensekontroll ikke blir den nye normalen, og mener at land som bryter regelverket må tas til EU-domstolen. Politico skriver at Kommisjonen i den nye strategien har valgt en myk tilnærming hvor de balanserer presset fra næringslivet/reisende som ønsker å gjenopprette fri ferdsel og nasjonale regjeringer som ønsker å stenge grensene. Europaparlamentariker Christel Schaldemose (Danmark, S&D) ønsker den myke tilnærmingen velkommen: «Det er fint, at man vil sikre både mere effektiv og moderne håndtering af de ydre grænser, og også at man vil styrke tilliden mellem landene. Det vil da gøre det mindre sandsynligt, at der er behov for at lave nationale grænser inden for Schengen. Men helt at afskrive os muligheden for det, det vil vi simpelthen ikke».

I strategien oppfordrer Kommisjonen EU-landene til å gjennomfører utvidelsen av Schengen-området, slik at også Bulgaria, Romania, Kroatia og Kypros kan bli medlemmer.