Det er ulike syn i forvaltningen på miljøpåvirkningens omfang og konsekvenser. Fiskeri- og kystdepartementet har heller ikke i særlig grad utviklet indikatorer som kan fortelle i hvilken grad forvaltningen når målene om en bærekraftig og miljøtilpasset havbruksnæring. Undersøkelsen viser at dette har gitt utfordringer i styringen av havbruksforvaltningen. Det pågår derfor et samarbeid mellom fiskeri- og miljøvernmyndighetene med å bygge opp et bedre kunnskapsgrunnlag gjennom å konkretisere bærekraftselementene i havbruksnæringen og å utarbeide indikatorer og grenseverdier. Fiskeri- og kystdepartementet, Miljøverndepartementet og Landbruks- og matdepartementet viser til at føre-var-prinsippet i naturmangfoldloven krever at mangel på kunnskap ikke kan brukes som begrunnelse for å utsette eller unnlate å treffe forvaltningstiltak dersom det foreligger risiko for alvorlig eller irreversibel skade på naturmangfoldet. Fiskeri- og kystdepartementet og Miljøverndepartementet samarbeider derfor om hvordan kunnskapsgrunnlaget og anvendelsen av føre-var-prinsippet bør vektlegges i den framtidige forvaltningen.