Kunnskapsdepartementet har i samarbeid med sektordepartementene utviklet et felles mål- og resultatstyringssystem for styringen av Forskningsrådet og en veileder om god styringsskikk. Riksrevisjonen har merket seg at de fleste sektordepartementene har implementert systemet, og at systemet har forbedret styringen av Forskningsrådet.

Mange sektordepartementer mener at systemet bevisstgjør departementene om viktigheten av å samordne styringssignalene overfor Forskningsrådet. Gjennom DFU har Kunnskapsdepartementet mot slutten av 2011 også lagt større vekt enn tidligere på å koordinere oppfølgingen av Forskningsrådets hovedprioriteringer. Dette er tiltak som kan bidra til å styrke koordineringen av forskningspolitikken.