Det er ingen bestemmelse i akvakulturloven om samordning ved verken tilsyn eller reaksjons- og sanksjonsileggelse. Fiskeri- og kystdepartementet sluttet seg i høringsnotatet til arbeidsgruppens vurdering om at en samordningsregel bør fastsettes i loven. Lovbestemmelsen bør forplikte akvakulturmyndigheten til å initiere samordningsrutiner mellom berørte sektormyndigheter, utarbeide instrukser i samarbeid med berørte departementer og gi særskilte bestemmelser i forskrift på områder der samordning fremstår som særlig presserende. Bestemmelsen er en instruks til forvaltningen, og brudd på bestemmelsen vil ikke ha rettsvirkninger overfor foretak eller personer.

Forslaget om samordning retter seg mot organer som forvalter havbruksnæringen, som Fiskeridirektoratet, Mattilsynet, Kystverket, Klima- og forurensningsdirektoratet og Fylkesmannen. Departementet er enig i Politidirektoratets vurdering om at den foreslåtte samordningsbestemmelsen ikke bør omfatte påtalemyndigheten.

Manglende samordning kan lede til at ileggelse av én reaksjon kan stenge for ytterligere forfølgelse, for eksempel fordi en kommer i konflikt med forbudet mot dobbelstraff etter menneskerettsloven og EMK. Hensikten med bestemmelsen er først og fremst at organer som kan ilegge sanksjoner og reaksjoner overfor akvakulturnæringen retter oppmerksomheten mot at en overtredelse kan åpne for reaksjons- og sanksjonsileggelse også etter andre regelverk.