I 1999 vedtok Stortinget ved plenarvedtak at det skulle gjelde en særskilt prosedyre for tvist om innsyn i E-tjenestens dokumenter, uten at lov og instruks ble endret. Bakgrunnen for Stortingets vedtak fra 1999 er den særlige sensitiviteten som knytter seg til E-tjenestens kilder, identiteten til personer i okkupasjonsberedskapen og spesielt sensitive opplysninger mottatt fra utenlandske samarbeidende tjenester. I årsmeldingen for 2013 redegjorde utvalget for at det på denne bakgrunn har vist forsiktighet når det gjelder praktiseringen av innsyn i E-tjenesten. Utvalget viste til at situasjonen er utfordrende og prinsipielt betenkelig, sett på bakgrunn av utvalgets kontrolloppgaver. Som følge av dette fører utvalget en mindre omfattende kontroll med E-tjenesten enn med de øvrige EOS-tjenestene.

Utvalget avventer Stortingets konklusjon på det prinsipielle spørsmålet om bestemmelsene om utvalgets innsynsrett i lov og instruks skal gjelde fullt ut også for E-tjenesten, eller om Stortingets vedtak fra 1999 skal opprettholdes.

I årsmeldingene for 2012 og 2013 opplyste utvalget at det var i dialog med E-tjenesten for å finne frem til praktiske løsninger for søk i tjenestens datasystemer. Dialogen har ført til at utvalget siden mai 2014 har kunnet søke fritt i tjenestens systemer, med unntak av opplysninger som E-tjenesten selv vurderer som «særlig sensitiv informasjon». Etter det opplyste er det et fåtall operasjoner og dokumenter som utvalget ikke får se. Den praktiske tilretteleggingen av utvalgets innsyn har medført at kontrollen av E-tjenesten er blitt vesentlig grundigere. E-tjenesten har i denne forbindelse lagt godt til rette for utvalgets tilgang til tjenestens datasystemer.