I lovens kapittel 2 foreslår departementet å regulere hvilke organer som er skattemyndighet for henholdsvis formues- og inntektsskatt, svalbardskatt, artistskatt, petroleumsskatt, merverdiavgift, arbeidsgiveravgift, særavgifter, motorkjøretøyavgifter og merverdiavgiftskompensasjon. Det foreslås å videreføre de eksisterende myndighetene for de enkelte skatteartene. Videre foreslås en bestemmelse om hvilke organer som er skattemyndighet i første instans. Kapittel 2 har også enkelte særregler om nemndene på skatte- og avgiftsområdet.

Ligningsloven har i dag en detaljert regulering av hvilke organer som har myndighet etter loven, mens de øvrige lovene på skatte- og avgiftsområdet har mindre detaljerte regler om myndigheter. I prinsippet er det bare nødvendig å lovregulere nemndene på skatte- og avgiftsområdet, da regjeringen kan bestemme den øvrige organiseringen av skatteforvaltningen i kraft av sin alminnelige kompetanse til å organisere statsforvaltningen. Informasjonshensyn tilsier imidlertid at det framgår av loven hvilke forvaltningsorganer som har ansvaret for de enkelte skatteartene. Departementet foreslår derfor at regulering av hvilke organer som er myndigheter etter loven, skal framgå av loven. Når betegnelsen «skattemyndigheter» brukes ellers i loven, vil det framgå av lovens kapittel 2 hvilke organer som er myndigheter for den enkelte skattearten som omfattes av skatteforvaltningsloven. Andre lover regulerer det samme spørsmålet for sine virkeområder, for eksempel skattebetalingsloven kapittel 2.