Villaksen er en art som klekkes og lever den første tiden i vassdraget, vandrer ut gjennom fjorden i løpet av noen dager, vokser seg stor i havet og vandrer tilbake til vassdraget for å gyte. Gjennom disse fasene utsettes laksen for en rekke farer og trusler. Å verne villaksen er derfor komplisert og sammensatt. Det er viktig å bruke tilgjengelig og oppdatert kunnskap for å kunne ha best mulig målrettede tiltak for å bevare villaksstammene.

Direktoratet for naturforvaltning utgir hvert år en rapport om bestandsstatus for villaksen. Der er de viktigste påvirkningsfaktorene for bestandene vurdert i over 400 vassdrag. "Bestandsstatus for laks i Norge 2003" (DN, juni 2004) og "Bestandsstatus for laks i Norge 2004" (DN, juni 2005) er de seneste rapportene. Disse rapportene viser at faktorene som påvirker bestandene av villaks er mange, og de varierer fra vassdrag til vassdrag. Vassdragsregulering, andre fysiske inngrep i vassdraget, forsuring, jordbruksforurensning, annen forurensning, lakseparasitten gyrodactylus salaris, lakselus, rømming fra oppdrettsanlegg, andre fiskesykdommer, overbeskatning, ukjente og andre forhold, er ulike faktorer som påvirker villaksbestanden. Rapportene underbygger at bestandens størrelse og bærekraft er en sammensatt problemstilling. De viser også at andelen vassdrag som er påvirket av lakselus er nesten halvert fra 2003 til 2004.

I tillegg til de trusselfaktorene som er listet opp ovenfor, viser øvrige forskningsrapporter at oppvekstvilkårene i havet, ved temperatur, mattilgang og sannsynligvis andre ukjente faktorer, er av avgjørende betydning for andelen tilbakevandring av villaks. Dessuten fanges store mengder villaks som bifangst i fiskeriene. (Kilder: Marianne Holm, Havforskningsinstituttet (HI), Jens Christian Holst (HI), Lars Petter Hansen, NINA).