Ombudsmannen for Forsvaret behandler ikke lenger klagesaker for sikkerhetsklarering, da det er EOS-utvalget som behandler klager som retter seg mot Nasjonal sikkerhetsmyndighet og Forsvarets sikkerhetsavdeling. Ombudsmannen gir imidlertid råd og veiledning til alt personell, herunder råd om å innklage sen saksbehandling, nektelse av innsyn mv. til EOS-utvalget.