Regjeringen vil velge indikatorer som har god korrelasjon med produksjonskapasiteten innenfor et produksjonsområde. Dette innebærer at endringer i produksjonskapasitet/biomasse i sjøen henger sammen med miljøpåvirkningen i området, både ved økninger og reduksjoner i produksjonskapasiteten. Dette innebærer at ikke alle næringens miljøutfordringer vil kunne fungere som indikatorer. De for tiden største miljøutfordringene til oppdrettsnæringen er lakselus og genetisk påvirkning av ville laksebestander fra rømt oppdrettsfisk. Andre viktige miljøpåvirkninger er utslipp av næringssalter og organisk materiale, sykdommer og bruk av fôrressurser.

Det er et godt samsvar mellom mengden oppdrettsfisk i sjøen, nivå av lakselus på oppdrettsfisken og hvor stor påvirkning lakselus har på ville laksebestander, særlig sjøørret. Derfor er lakseluspåvirkning på ville bestander godt egnet som indikator. Lusenivåene vil imidlertid variere også etter faktorer som næringen ikke kan påvirke, som for eksempel sjøtemperatur og saltinnhold i vannet. Vurderingene som må gjøres, og modellene som benyttes, vil derfor måtte ta høyde for slike variasjoner.

Når det gjelder rømming, er det ikke en så nær sammenheng mellom oppdrettsnæringens produksjonskapasitet og antall rømt fisk. Den geografiske spredningen av rømt oppdrettsfisk er i tillegg stor, med til dels tilfeldig vandringsmønster. I et system som skal virke innenfor produksjonsområder er det derfor vanskelig å bruke rømming som en indikator. Regjeringen tar likevel utfordringene med rømt oppdrettsfisk alvorlig, og vurderer løpende behov for tiltak for å forebygge rømming og redusere konsekvenser av rømming. Det ble i januar 2015 fastsatt en forskrift som implementerer forurenser-betaler-prinsippet i oppdrettsnæringen. Gjennom forskrift og forpliktende avtaler med næringen, sørger oppdrettsnæringen for finansiering, planlegging og gjennomføring av tiltak for å redusere innslag av rømt oppdrettsfisk i elver.

Utslipp av næringssalter regnes ikke som et vesentlig miljøproblem i dag. En utfordring med bruk av utslipp som indikator er dels at det vil være flere kilder til utslipp enn oppdrett, og dels at det meste av næringssaltene på norskekysten kommer med havstrømmer fra andre land. Det er derfor ikke gitt at miljøtilstanden bedres selv om oppdrettsproduksjonen reduseres. Utslipp kan likevel bli et vesentlig problem i fremtiden dersom produksjonen flerdobles med gjeldende driftsteknologiske løsninger og lokalitetsstruktur. Det bør derfor startes et arbeid med å utvikle en indikator for utslipp innenfor produksjonsområder, som et supplement til dagens indikatorsystem som virker på lokalitetsnivå. På sikt må det vurderes om en slik indikator skal innføres. Sykdommer og andre parasitter enn lakselus, anses i første rekke å være et produksjonsproblem og ikke et problem for miljøet rundt anleggene eller for viltlevende bestander. Videre er det ikke en tilstrekkelig sammenheng mellom produksjonskapasitet i et produksjonsområde og utbredelse av sykdommer til at sykdom er egnet som indikator, ut ifra den kunnskapen som foreligger i dag. Dette gjelder også for produksjonstap eller svinn. Tapene varierer mye mellom lokaliteter innenfor samme område. Nyere studier viser også at en stor del av svinnet skyldes dårlig smoltkvalitet og driftsmessige forhold ved den enkelte lokalitet.

Tilgangen på fôrråvarer vil kunne begrense veksten i norsk oppdrettsnæring. Forråvarer er en global ressurs. Det er ingen direkte sammenheng mellom produksjonskapasiteten i norsk oppdrettsnæring og høsting av bærekraftige fôrressurser globalt. Det er derfor ikke hensiktsmessig at fôrressurser inngår i norske myndigheters vurdering av vekst.

Ut ifra vurderingene av de ulike miljøpåvirkningene, mener regjeringen at lakselus vil være den riktige indikatoren å benytte på kort og mellomlang sikt i en handlingsregel for kapasitetsjustering på tillatelsesnivå innenfor avgrensede produksjonsområder. På lengre sikt kan utslipp også være en aktuell indikator. Dersom andre miljøpåvirkninger i fremtiden skulle bli en utfordring som kan knyttes til kapasitetsvekst i et produksjonsområde, kan indikatorer for dette utvikles og tas inn i et modulbasert system.